ФШМ была создана в 1954 году приказом Председателя Комитета по физической культуре и спорту при Совете Министров СССР, после окончания строительства стадиона «Лужники».
Команды различных возрастов школы неоднократно становились призерами и чемпионами Первенств, обладателями Кубков России. За последние годы ФШМ усилила своими воспитанниками многие клубы Премьер лиги и Первого дивизиона. В настоящее время в РПЛ также играют воспитанники ФШМ, например, Евгений Луценко («Динамо» Москва) и Павел Мамаев («Краснодар»).
Многие воспитанники школы стали знаменитыми футболистами, а некоторые прославились в других областях. Игорь Кио предпочёл артистическую карьеру, хотя в своё время был лучшим бомбардиром школы, и, по мнению К. И. Бескова, подавал большие надежды. Один из наших самых узнаваемых телеведущих Владимир Соловьев тоже занимался в ФШМ и не утратил страсть к футболу, его часто можно видеть в бутсах и форме на лужниковских полях.